1-1-اهمیت و اهداف کار 3

فصل دوم: بررسی منابع

2-1-گیاهشناسی 5

2-2-ساختمان بوته: 6

2-3- شرایط مناسب رشد 7

2-4- قدمت و منشا 7

2-5-گونه‌‌‌‌‌های مهم جنسAllium 8

2-6- اهمیت پیاز 8

2-6-1-اهمیت اقتصادی – تجاری 8

2-6-2-اهمیت تغذیه ای – بهداشتی 9

2-7-اهداف به نژادی 9

2-8- اهمیت مطالعه منابع ژنتیکی 9

2-9- نشانگر‌‌‌‌‌های ژنتیکی 11

2-9-1-نشانگر‌‌‌‌‌های مورفولوژیک 11

2-9-2-نشانگر‌‌‌‌‌های مولکولی 11

2-10- توالی های تكرار شونده 15

2-11-مقایسه انواع مختلف نشانگر ‌‌‌‌های DNA 15

2-12- ریز ماهواره ها 17

2-12-1-سطح چند شكلی: 18

2-12-2-تکامل ریز ماهواره ها 18

2-12-3-مدل های جهش ریزماهواره ها 19

2-12-4-تشخیص ، فراوانی و توزیع ریز ماهواره ها در ژنوم 20

2-12-5-عمل ریز ماهواره ‌ها 21

2-12-6-مزیت‌‌‌‌‌ها و معایب ریز ماهواره‌‌‌‌‌ها 22

2-13-نشانگر ISSR 23

2-13-1-چند شکلی در ISSR: 23

2-13-3-مزایا و معایب نشانگر ISSR 24

2-14-مروری بر پژوهش‌‌‌‌‌های انجام شده روی تنوع ژنتیكی در پیاز 24

فصل سوم: مواد و روشها

3-1-تهیه نمونه‌ها 27

3-2-استخراج DNA ژنومی 29

3-3-تعیین کمیت و کیفیت DNA 30

3-4-آغازگر های SSR 31

3-4-1-بهینه سازی شرایط واکنش PCR برای آغازگر‌های مورد استفاده 33

3-4-2-انجام واکنش PCR با آغازگر های SSR 33

3-4-3-الکتروفورز محصول PCR روی ژل اکریل آمید (PAGE) 35

3-4-4-تفسیر ژل و تجزیه آماری داده ها 37

3-5-آغازگر های ISSR 38

3-5-1-بهینه سازی واکنش PCR برای آغازگر های ISSR 39

3-5-2-انجام واکنش PCR با آغازگر های ISSR 39

3-5-3-الکترفورز محصول PCR روی ژل آگارز 41

3-5-4-تفسیر و تجزیه آماری داده ها 41

فصل چهارم: نتایج و بحث

4-1-استخراج DNA ژنومی 42

4-2-نشانگر SSR 44

4-2-1-بهینه سازی شرایط واکنش PCR برای جفت آغازگر های SSR 44

4-2-2-الکترفورز محصول PCR روی ژل پلی اکریل آمید 44

4-2-3-نتایج حاصل از استفاده از نشانگر های SSR 45

4-2-4-تجزیه به مولفه های اصلی در نشانگر SSR 58

4-3-نشانگر ISSR 60

4-3-1-بهینه سازی شرایط واکنش PCR برای آغازگر های ISSR 60

4-3-2-الکتروفورز محصول تکثیر شده به وسیله ISSR بر روی ژل آگارز 61

4-3-3-نتایج حاصل از نشانگر ISSR 61

4-3-4-تجزیه به مولفه های اصلی در ISSR 73

4-4- بررسی نتایج حاصل از ادغام دو نشانگر SSR و ISSR 75

4-4-1-تجزیه به مولفه های اصلی در ادغام دو نشانگر SSR و ISSR 77

فصل پنجم: نتیجه گیری كلی و پیشنهادها

5-1-نتیجه گیری كلی 79

5-2- پیشنهاد ها 81

فصل اول

مقدمه

1-1-اهمیت و اهداف کار

تنوع گیاهی به مرور زمان در اثر تفاوت در اقلیم، جغرافیا وتلاقی طبیعی بین گیاهان ایجاد شده است. كشاورزان نیز با جا به جا نمودن بذر گیاه و كاشت آن در محیطی جدید و انتخاب گیا‌‌‌‌هانی با خصوصیات مورد نظر باعث ایجاد تفاوت بین گیا‌‌‌‌هان و اجداد مادریشان شده‌اند. این ژنوتیپ‌‌‌‌‌های متفاوت به دلیل سازگاری به عوامل محیطی و همچنین داشتن ژن‌‌‌‌های مقاومت به بیماری‌‌‌‌‌ها از اهمیت زیادی برخوردارند، ولی در سال‌‌‌‌های اخیر به دلیل افزایش سطح زیر كشت ارقام وارداتی اصلاح شده، از بین رفتن زمین‌‌‌‌های كشاورزی و ماشینی شدن آن، تنوع وسیع توده های بومی مورد تهدید قرار گرفته است. در حالی كه كشور‌‌‌‌‌های پیشرفته با پی بردن به اهمیت ارقام بومی در تلاش هستند به ذخایر توارثی بومی و محلی در تمام كره خاكی دسترسی داشته باشند تا از حداكثر تنوع موجود در جهت اصلاح استفاده نمایند، لذا افزایش تلاش برای شناخت ارقام بومی کشور ضروری به نظر می‌رسد [3]. مطالعه تنوع ژنتیكی فرایندی است كه تفاوت‌‌‌‌‌های بین افراد،جمعیت‌‌‌‌ها یا گروه‌‌‌‌‌ها بر اساس داده‌‌‌‌‌های حاصل از ارزیابی صفات مختلف با بهره گرفتن از روش‌‌‌‌های آماری خاص بررسی می‌شود. از كاربرد‌‌‌‌های بررسی تنوع ژنتیكی در گیا‌‌‌‌هان به تعیین روابط ژنتیكی ژنوتیپ‌‌‌‌‌ها، مطالعه ژنتیک جمعیت، مطالعه و حفاظت ژنتیكی ذخایر ژرم پلاسمی می‌توان اشاره كرد [9]. با گسترش زراعت پیاز در محیط‌‌‌‌‌ها و شرایط آب و هوایی جدید، جوامعی انتخاب گردیدند که از نظر شکل، رنگ، بو و قابلیت انبار داری تفاوت داشتند. اینکه تنوع مشاهده شده، زمینه ژنتیکی متفاوت را نشان می‌دهد و یا انتخاب توسط بشر این تنوع را افزایش داده است بررسی دقیقی نشده است. علیرغم اهمیت اقتصادی، کاربرد وسیع و مزایای بالقوه بهداشتی پیاز، مطالعات محدودی درباره فیلوژنی این گیاه صورت گرفته است [4].

مجموعه‌‌‌‌‌های ژرم پلاسم پیاز، در بسیاری از کشور‌‌‌‌‌ها از جمله ایالت متحده آمریکا، اتحادیه اروپا،ژاپن و فلسطین اشغالی نگهداری می‌شوند. شناسایی و تعیین مشخصات اجداد پیاز بسیار مهم می‌باشد به ویژه اینکه، زیستگاه‌‌‌‌‌های برخی از