چکیده   1

مقدمه: 4

1-1- سیب زمینی.. 5

1-1-1- تاریخچه سیب زمینی.. 5

1-1-2- گیاه شناسی.. 6

1-1-3- دما : 8

1-1-4- خاک و کود. 9

1-1-5- اهمیت اقتصادی سیب زمینی.. 10

1-2-1- علایم بیماری های ویروسی سیب زمینی.. 11

1-2-2- همه گیرشناسی و چرخه ی بیماری.. 11

1-2-3- کنترل بیماریهای ویروسی سیب زمینی.. 12

1-3- فرضیه ها 12

1-4- اهداف.. 12

فصل دوم. 13

2-1- ویژگیهای گروه پوتی ویروس‏ها 14

2-1-1- ویروس وای سیب زمینی.. 15

2-1-1-1- دامنه میزبانی و علایم ویروس وای سیب زمینی.. 16

2-1-1-2- وضعیت ویروس وای سیب زمینی در ایران. 17

2-1-1-3- ناقلین ویروس وای سیب زمینی.. 18

2-1-1-4-ساختار ژنتیکی.. 19

2-1-1-5-نژادهای ویروس وای سیب زمینی.. 19

2-1-1-5-2- نژاد N.. 20

2-1-1-5-3-نژاد C.. 21

2-1-1-6-روش های بررسی نژادهای PVY : 21

2-1-1-7-نوترکیبی در ژنوم ویروس y سیب زمینی.. 22

2-1-1-8-مقایسه دو روش رایج شناسایی PVY.. 23

فصل سوم. 26

3-1-نمونه برداری از مزارع سیب زمینی.. 27

3-2- مواد گیاهی.. 28

3-2-1- نگهداری نمونه ها در آزمایشگاه 28

3-3-آزمون آزمون الایزای غیر مستقیم. 29

3-5- انتخاب جدایه های مثبت.. 30

3-6- مطالعات گلخانهای.. 30

3-6-1- آماده سازی گیاهان گلخانهای.. 31

3-6-2- مایه زنی گیاهان گلخانهای.. 31

3-7- روش آزمون RT-PCR.. 33

3-7-1 روش تهیه cDNA.. 33

3-7-3 مراحل به دام اندازی RNA ویروس… 34

3-9- انجام واکنش PCR.. 35

3-9-1- طراحی پرایمر. 35

3-9-2 روش آزمون واکنش زنجیره ای پلیمراز (PCR) 36

3-10 روش تهیه ی ژل و انجام الکتروفورز برای بررسی نتایج آزمون PCR.. 37

3-11- مقایسه توالی نوکلئوتیدی نژادهای  PVYبا توالی مشابه در سایر جدایه های موجود در بانک ژن. 38

فصل چهارم: 42

4-1- منبع ویروس… 43

4-2- نتایج آزمون الایزای غیر مستقیم. 44

4-3 مطالعات گلخانه ای.. 46

4-5- نتایج آزمون RT-PCR.. 47

4-6- تنوع ژنتیکی.. 52

4-7- بیشترین درصد تشابه جدایه های مورد بررسی با نژادهای اصلی PVY در جهان : 52

4-7- مقایسه نتایج حاصله از آزمونهای الایزای غیرمستقیم و RT-PCR.. 54

فصل پنجم. 55

5-1- بررسی نوترکیبی در  ایزولههای ایرانی ویروس Y سیب زمینی: 58

5-2- پیشنهادات اجرایی و پژوهشی.. 59

فهرست منابع و ماخذ. 61

منابع انگلیسی: 64

فهرست جداول

جدول شماره­ 3-1- مواد لازم در مخلوط واکنش ترانویسی معکوس (RT)……………………………………….44

جدول 3-2- توالی و موقعیت آغازگرهای مورد استفاده در این تحقیق…………………………………………………………45

جدول شماره­ 3-3- مواد لازم در واکنش PCR…………………………………………………………………………….46

جدول شماره­ 3-4- چرخه­­ی دمایی آزمون واکنش زنجیره ای پلیمراز………………………………………………47

جدول 3-5- مواد لازم و مقدار هر یک از آنها برای تهیه محلول پایه PCR………………………………………………….47

جدول3-6 جدابه­های ویروس وای سیب­زمینی که CP آنها مقایسه شده است………………………………………………49

جدول 4-1- فراوانی ویروس Y سیب زمینی در کل نمونه­ها به تفکیک منطقه نمونه برداری…………………………..55

فهرست اشکال

شکل 2-1- الف- ساختار فیزیکی (رشته­ای خمش­پذیر) (بی­نام، 2009). ب- تصویر شماتیک از اجزاء ژنوم PVY………………………………………………………………………………………………………………………………………….26

شکل3-1- علائم ویروس Y سیب زمینی برروی سیب زمینی( الف-نکروز رگبرگ، ب-روشنی رگبرگ)……………………………………………………………………………………………………………………………………..38

شکل 3-3- مرحله کاشت گیاهان گلخانه­ای……………………………………………………………………………………43

شکل 4-1- موزاییک و زردی ایجاد شده توسط ویروس Y سیب زمینی……………………………………………..53

شکل 4-2- علائم موزائیک در اثر PVY بر روی برگ سیب زمینی…………………………………………………….53

شکل 4-3- علائم ایجاد رگبرگ روشنی ونکروتیک بوسیله ویروس Y سیب زمینی بر روی سیب زمینی..54

شکل 4-4 نتایج تست سرولوژیک نمونه های آلوده به pvy  درسطح مناطق مختلف استان…………………..55

شکل 4-5- نکروز و موزائیک برروی گیاه توتون رقم سامسون بوسیله تلقیح PVY……………………………..56

شکل 4-6- ایجاد موزائیک و بوسیله ویروس Y سیب زمینی…………………………………………………………….57

شکل 4-7- ایجاد نکروز رگبرگ بوسیله PVY ……………………………………………………………………………….57

شکل 4-8- نتایج آزمون PCR در ژل آگارز 1% با بافر TBE. سمت چپ: مارکر DNA. چاهک  آلوده به PVY. قطعه ای به اندازه 990 نوکلئوتید تکثیر شده است…………………………………………………………………..58

شکل4-9- دندروگرام (درخت­واره) حاصل از گروهبندی ایزوله­های توالی­یابی شده در این آزمایش به همراه ایزوله­ها و استرین­های ایرانی موجود در بانک ژن که به روش Parsimony Maximum-در نرم افزار MEGA5 به دست آمده است……………………………………………………………………………………………….59

شکل4-10- دندروگرام (درخت­واره) حاصل از گروهبندی ایزوله­های توالی­یابی شده در این آزمایش به همراه ایزوله­ها و استرین­های ایرانی و جهان موجود در بانک ژن که به روش Parsimony Maximum-در نرم افزار MEGA5 به دست آمده است……………………………………………………………………………………..60